複数の証券会社に口座を持っている場合、それぞれでの損益通算が可能か？という意味でしょうか。いくつかのケースに分けて考えてみます。（便宜上2社、A証券会社、B証券会社とします）

 

ケース1．A社B社とも源泉あり、双方とも年間で利益が出た場合

この場合は、源泉を選択していても、申告を選択していても税額は同一になります。特に問題はないでしょう。

 

ケース2．A社B社とも源泉あり、Aは利益、Bは損失の場合

この場合、例えばA証券で100万の利益、B証券で100万の損失がでたような場合なら、1社で取引をしていれば年間の利益は0ですから無税ですが、この場合、10%の源泉分離として10万円が課税されてしまいます。
こういったケースでは、証券会社から送られてくる「年間取引報告書」をもとに確定申告をする必要があります。この確定申告を行うことで、過払いしている10万円の税金はあとから戻ってきます。

 

ケース3．A社B社とも源泉あり、双方とも年間で損失が出た場合

この場合は、双方とも赤字で無税ですので、問題がありませんが翌年にこの損失を繰り越すことができるので、できれば確定申告をしたほうがよいでしょう。