サラリーマンが株式投資の利益を申告する際「確定申告」を選択した場合、所得税は直接請求されますが、住民税については、「特別徴収」という形で会社に通知され、会社に給与から自動的に天引きされるようになります。つまり、天引きされるということは、会社側に株式投資で昨年いくらの利益を出したのか?ということがバレてしまいます。
これを防止する方法としては、以下の2通りが考えられます。

 (1):源泉徴収を選択する。
 (2):確定申告の際、「普通徴収」にチェックをつける。

上記どちらかの対応をすることにより、住民税の請求は会社側に届きませんので、会社に株の利益があることを知られる恐れはありません。