ケースバイケースです。お得になる場合もあれば、損をする場合もあります。
まず、確定申告を選択した場合、売却益が基礎控除内だった場合は個人の基礎控除の範囲内ですので、納税の義務はありません。ただし、売却益が103万円を超過した場合はご主人の配偶者控除の縮小や、さらに多くの売却益を得た場合は、国民年金・国民健康保険料の支払義務などが生じる為マイナスになります。

逆に、源泉分離課税を選択した場合、どんなに利益がでてもご主人の配偶者控除が縮小されたり、国民年金の支払義務は生じません。ただし、売却益が基礎控除の範囲内の場合でも源泉徴収の対象となってしまいます。